天人合一
中国古代学术无不以“究天人之际”为其宗旨，《周易》提出并为《内经》继承和发展了的太极一元论，正是华夏思维方式中天人合一整体思维的体现。《周易·系辞传》说：“易有太极，是生两仪，两仪生四象，四象生八卦。八卦定吉凶，吉凶生大业。”这里既是追溯八卦产生的源头，同时也阐明了《周易》作者的宇宙发生论。这一原初的太极，是“广大悉备，有天道焉，有人道焉，有地道焉”的多样世界的最终根源。也就是说，天人原本就是一个整体，伏羲能画出八卦来，正是遵循了这一太极一元论。他“仰则观象于天，俯则观法于地，观鸟兽之文与地之宜，近取诸身，远取诸物，于是始作八卦，以通神明之德，以类万物之情。”（《系辞传》）正因为这样，《易》才能“与天地准”，才能“弥纶天地之道”。
《内经》继承了《周易》天人合一的整体观，把人体看成是自然界的一部分。因而在观察人体的生理病理变化时，主张不能仅仅孤立地着眼于人的肌体本身，而应看到人与自然界存在着的有机联系。《内经》说：“夫道者，上知天文，下知地理，中知人事。”（《素问·气交变大论》）也就是说，只有象《周易》所阐明的把天道、地道、人道相互结合起来，进行综合观察，才能正确地把握医道。
由于《内经》体现了天人合一的整体观，因而特别强调天时物候的变化对人体生理病理的影响。并一再指出，要想正确把握人体病情的变化，必须首先做到“因天之序，盛虚之时，移光定位，正立而待之。”（《素问·八正神明论》）把正确掌握日月星辰、季节气候的变化，看作是正确把握人体生理病变的前提条件。这一思维方法，正是与《周易·系辞传颂提出的伏羲经过仰观俯察、近取远取以画八卦的方法一脉相承的。乍看起来，考察人的肌体的病变，不是首先去考察人的肌体本身，而是强调要首先掌握季节气候的天时变化，这好像有点“迂远而阔于事情”，其实不然，中国传统医学中的天人合一思想，与古代阴阳家学派中某些人提倡的神秘主义的天人感应论不同。前者是在长期的医疗实践中，认识到人的肌体与天时气候的变化密切相关。天时气候的反常和交互影响，会引起人的肌体的适应性的变化，因而常会因此引起各种病变。这种变化乍看难以捉摸，但又是有规律可循的。这是中国传统医学中自发的唯物论观点和朴素的辩证法思想。它使中国传统医学一开始就避免了那种头疼医头、脚痛医脚的片面的机械的方法。而神秘主义的天人合一思想，虽然也重视自然界和人事之间的联系，但它只是从二者之间的某些偶然联系着眼，并进一步夸大这种联系，对天人关系作神秘主义解释。因而，最后必然要导致鬼神迷信的唯心主义方面去。《内经》强调用的“候日月、星辰、四时、八正”来考察人体生理病理的方法，不但正确继承和发展了《周易》强调的天人合一整体观的积极方面，而且还奠定了中国古代医疗气象学的基础，作为指导临床辨证论治的重要参考依据，体现了中国传统医学“法天则地，合以天光”的独特风格。
世界统一于“气”，“气”是构成世界最基本的元素，自然界包括人的肌体的演化，最终都是由气的变化决定的。这种气一元论的思想又从另一个方面体现了《周易》和《内经》以及后来易学和医学的天人合一的整体观。气一元论作为世界观很早就在我国古代哲学、人文、科技各个领域中广泛流行。西周末年伯阳父就曾经用阴阳二气的变化来解释地震灾害发生的原因，后来春秋末年的老子、战国中期的稷下道家以至战国末年的荀子，都对气化论有过论述。《周易》古经的卦交辞中虽然没有提到气，但在成书于战国时期的《易传冲就多处用气化思想来解释《易经》卦爻的变化，并体现出了气一元论的思想。在成书较早的《说卦传》中，作者在解释“艮和“兑”这两卦的关系时，就提出了“山泽通气”的观点。《文言传》在解释《乾》卦初九辞的“潜龙勿用”时，把“龙”解释成“阳气”。认为“潜龙勿用”，就象征着“阳气潜藏”的最初阶段。接着在解释九五爻辞的“飞龙在天，利见大人”时，又指出这是“同声相应，同气相求”的象征。《象传》在解释《成卦》卦辞“亨，利贞，取女吉”时，认为《咸卦》的卦象是《艮》下《兑》上，象征男女的结合，可以说是“二气感应以相与”。这里甚至把男女的结合，也说成是阴阳二气的互相感应。《系辞传》更明确的指出，“精气为物，游魂为变”，把人的生死也看成是气化的结果。由于《周易》的特殊的历史地位，其气化论对后世包括对中国的传统医学影响较大。
