在当代学术界，总是把阴阳五行说成是五种物质，阴阳五行是中国古代朴素的唯物论和自发的辩证法思想的体现。它认为世界是物质的，物质世界是在阴阳两气的作用推动下滋生、发展和变化，认为木、火、土、金、水五种最基本的物质是构成世界不可缺少的元素。这五种物质相互滋生、相互制约，处于不断的运动变化之中。
有不少学者从系统论研究五行，认为自然界的循环(周期）运动突出表现为空间的五方结构、时间的五季结构、植物的五化循环，这三种循环运动都是在五行模式规范下建构的。五行是一个描述自然循环运动或周期运动、维持动态平衡的多体稳定系统。五行具有普遍的意义，世界上任何一种事物运动的循环周期必然相应地分成五个阶段，每一事物内部都必然具有与五行运动相适应的五行结构。五行体现了自然界事物相互联系的朴素系统观念。五行之间的生克、胜复机制维持五行系统的动态平衡，五行系统中任何两行之间都存在着相生相克关系，所以是不平衡的，从而处于运动之中，但五行中的每一行既被生又生它、既被克又克它，所以从整体来说是平衡的，这种平衡是一种动态平衡。五行的“五”是一个奇素数。奇素数基本单位所构成的多体结构是有极性的、左右对称的稳定系统，因而五行结构是有极性的、多体稳定系统。
有学者认为五行是一种严密的高级逻辑联系。五行表达了层次极高的逻辑一五值逻辑。五行生克关系表达的是一种事物同与之有关的其他四种事物之间发生的直接联系。表明五值逻辑是一种4维时空结构。五行以“我”为中心，有：生我者、克我者、我生者、我克者四种关系，可用四面体把这种关系表示出来，在四面体中任何一行都可与其他四行无交叉发生直接联系而无需中介。
由五行可以说明河图洛书数的构成，将五行结构数的四面体各点向三维垂面投影，发现正视图和侧视图就是河图洛书。五行四面体结构是一种左旋结构，与它对称的五行四面体结构是一种右旋结构。从几何构形看，两个五行四面体结合在一起即构成一个六面体，六面体的八个顶点（八卦）即是两个四面体的八个顶点，五行四面体是太玄六面体的结构单位，四面体和六面体一样都是三维时空的结构模型。
我认为“五行”从本质上说，只是古人认识宇宙生命的一种思维模型，五行不仅是宇宙生命的构成要素，而且是宇宙生命的分类原则；不仅是宇宙生命的动态功能，而且是宇宙生命运行关系。五行就是“气”的演化模型，就是时间与空间合一的理论模型。
当代学者从“老三论”、“新三论”角度研究五行，试图找出五行的科学性，运用科学术语对五行作新的解释，这对于现代人和西方人理解五行学说的确起到了积极作用。然而，这些诠释不过是一种语言转换或翻译而已，较少或没有真正揭示五行模型的本质，至于将四面体内五行作数的规定也缺乏合理的依据，且犯了以因代果、循环论证的毛病。
宇宙生命问题是“复杂性”问题，除了线性现象外，还有大世非线性现象，古人企图用简单的五行模型来描述生命的复杂性关系和非线性现象。五行的宇宙生命关系网是通过五行之间的生克、乘侮、胜复、制化编织而成的。五行生克反映宇宙生命运行的相互生发和制约关系，乘侮反映宇宙生命体内部的非平衡关系，胜复则反映这种非平衡状态下的一种自我复救的关系，亢害承制反映的不仅是两“行”之间而且是多行之间的生化制化关系，如此则构成一幅环环相连、立体、多维的宇宙生命关系网。
值得指出的是，五行模型固然在解说生命、宇宙方面有合理的内涵，然而一切模型都含有非理性的因素。作为古代的一种思维模塑，在认识宇宙生命时，往往有很多非理性的、机械的照搬和推想，从而与原型产生一定的距离，因此如何发展或突破这种思维模型就成为中医如何发展的关键所在。
